Agencija opravlja naloge izvajanja programa SAPARD, zlasti:
-
pripravlja javne razpise za projekte,
-
preverja vloge za odobritev projektov glede skladnosti predlaganih projektov z določili programa SAPARD in javnega razpisa,
-
opravi izbiro projektov,
-
določa pogodbene obveznosti med agencijo in upravičencem do sredstev iz programa SAPARD ter mu izda dovoljenje za začetek dela,
-
izvaja nadzor na kraju samem pred in po odobritvi projekta ter spremlja dela za zagotovitev izvedbe projekta,
-
poroča nacionalnemu skladu o izvajanju projektov in ukrepov na podlagi standardnih kazalcev.
Agencija opravlja naloge izvrševanja izplačil iz sredstev programa SAPARD, zlasti:
-
preverja zahtevek za izplačilo sredstev,
-
z izvajanjem pregledov na kraju samem ugotavlja upravičenost do izplačila sredstev in namenske uporabe sredstev,
-
določi višino zneska sredstev, ki so odobrena upravičencu,
-
izda odredbo Ministrstvu za finance – Sektorju javnega računovodstva za izplačilo sredstev upravičencu,
-
računovodsko evidentira obveznosti in izplačila sredstev ter dolgove agenciji v posebno računovodsko evidenco.