Organ upravljanja Kliničnega centra Ljubljana je svet zavoda.
Svet zavoda ima 21 članov.
Svet zavoda sestavljajo predstavniki:
Predstavnike ustanovitelja imenuje Vlada Republike Slovenije, Mesta Ljubljane pa Izvršni svet Skupščine mesta Ljubljane.
Predstavnike zavoda izvolijo delavci zavoda s tajnim glasovanjem. Volitve se opravijo na podlagi poslovnika, ki ga sprejme direktor javnega zavoda, ki opravi vse priprave za izvedbo volitev.
Predstavnike zavarovancev imenuje Zavod za zdravstveno zavarovanje Slovenije.
Predsednika sveta zavoda volijo člani sveta zavoda izmed predstavnikov delavcev zavoda.