Na ožjem in vplivnem območju predvidenih posegov se v kategorijo naravne dediščine uvrščajo objekti in območja:
Posamezne mostove čez vodotoke, vključno z melioracijskimi kanali, vse vodne propuste in podvoze za lokalne ceste in poljske poti je treba prilagoditi za prehajanje živali.
V bližini Tomažjevaškega potoka se uredi nadomestni biotop v obliki razširjenega in poglobljenega melioracijskega jarka, v dolžini 50 m in širini 5 m, z maksimalno globino vode 1,5 m. Nadomestni biotop se uredi takoj na začetku pripravljalnih del, tako da se ekološki pogoji v novem vodnem biotopu stabilizirajo do pričetka večjih posegov na trasi avtoceste.
Za zagotavljanje pretočne sposobnosti korita potoka Martink je predvidena poglobitev v skladu z vodnogospodarskimi pogoji.
Zaradi omilitve vpliva avtoceste kot ovire za prosto živeče živali se izvede varovalna ograja:
Na pododseku Dobruška vas–Smednik so prehodom dvoživk in malih živali namenjeni naslednji objekti (oziroma), ki jih je treba v fazi PGD/PZI ustrezno dimenzionirati:
Vse vodotoke, ki bodo zaradi gradnje avtoceste regulirani, je treba sonaravno urediti in zasaditi z avtohtonimi rastlinskimi vrstami.
Med gradnjo avtoceste in ob vodnogospodarskih ureditvah je zaradi izjemnega naravovarstvenega pomena Krakovskega gozda potrebno zagotoviti stalen naravovarstveni (biološki) nadzor gradbenih del.
Pred začetkom pripravljalnih del oziroma gradnje je treba fotografsko in video dokumentiranje celotne trase avtoceste.
Investitor mora za ugotovitev uspešnosti rešitev zagotoviti monitoring prehodov v prvih treh letih delovanja podhodov. Rešitve se po potrebi izboljša. V času gradnje in obratovanja je monitoring prehajanja dvoživk omejen na spomladansko (3 mesece) in jesensko obdobje (2 meseca).
Zaradi obstoja verjetnosti odkritja objektov geološke naravne dediščine (paleontološke, strukturne, mineraloške) pri zemeljskih delih, je na celotnem območju gradnje potreben občasen naravovarstveno-geološki nadzor. Pri nadzoru je treba posvetiti posebno pozornost paleontološko pomembni lokaciji Vinjega vrha. Nadzor mora izvajati strokovna geološka institucija. V primeru pomembnejših geoloških najdb, je treba obvestiti strokovno organizacijo (Upravo Republike Slovenije za varstvo narave ali pristojni zavod za varstvo naravne in kulturne dediščine), ki poda strokovne smernice glede ohranjanja dediščine oziroma nadaljnjega ukrepanja. Dokumentacijo, ki nastane ob nadzoru, je treba posredovati Upravi Republike Slovenije za varstvo narave.