Zavod ima lahko za posamezna področja pomočnika direktorja, in sicer za:
O potrebnosti pomočnikov za posamezna področja ob vsakem mandatu direktorja zavoda posebej poda mnenje svet zavoda, upoštevaje možnost, da lahko nekatera vodi neposredno direktor sam, pri čemer lahko direktor v vsakem mandatu imenuje pomočnika direktorja za obe področji iz prejšnjega odstavka.
Pomočnika direktorja imenuje direktor na podlagi javnega razpisa ali neposrednega povabila. Pogoji javnega razpisa veljajo tudi za neposredno vabljene kandidate. Svet zavoda poda predhodno mnenje k imenovanju pomočnikov direktorja. Če svet zavoda ne da mnenja v roku 30 dni od dneva, ko je bil zanj zaprošen, se šteje, da je mnenje pozitivno.
Pomočnika direktorja predstavljata in koordinirata delovanje zavoda na svojem delovnem področju ter sta odgovorna za zakonitost in strokovnost dela zavoda za področje dejavnosti, ki ga vodita, direktorju zavoda.
Pomočnika direktorja morata pri vodenju poslov ravnati z javnimi in drugimi sredstvi s skrbnostjo vestnega gospodarstvenika.