Višina sofinanciranja se določi po podpisu sporazuma, programa ali drugega podpisanega dokumenta o sodelovanju Republike Slovenije v projektu oziroma programu. Sofinanciranje je namenjeno izvajalcu projekta oziroma programa v Republiki Sloveniji neposredno.
Ministrstvo bo izplačalo enkratni finančni prispevek k stroškom prijave projekta slovenskim organizacijam, ki so kot prijaviteljice ali glavne koordinatorke prijavile projekt ali sodelujejo kot partnerke pri projektu, ki ga je prijavila druga tuja ali slovenska organizacija Evropski komisiji na objavljene razpise 6. okvirnega programa EU oziroma 6. okvirnega programa EURATOM. Za vsako prijavo projekta, za katero bo Evropska komisija ugotovila, da je pravno-formalno popolna in jo bo posredovala v ocenjevanje recenzentom, bo ministrstvo izplačalo enkratni finančni prispevek k stroškom prijave projekta v znesku 600.000 tolarjev slovenski organizaciji, ki je projekt prijavila kot koordinatorka, in 150.000 tolarjev slovenski organizaciji, ki pri projektu sodeluje kot partnerka.