Vodna povračila plačujejo zavezanci z mesečnimi akontacijami do 10. v mesecu za pretekli mesec na vplačilni račun pri Agencija Republike Slovenije za plačilni promet, podružnica Ljubljana.
V primeru zamude pri plačilu plača zavezanec zamudne obresti.
Zavezanci so dolžni do konca januarja tekočega leta Ministrstvu za okolje in prostor - Upravi Republike Slovenije za varstvo narave priglasiti vse osnove za izračun vodnih povračil, določenih v 1. členu te uredbe, za preteklo leto.
Poračun vplačanih akontacij se opravi na podlagi izdanega računa za preteklo leto, pri čemer se upoštevajo že plačani povprečni mesečni zneski povračil in plačane akontacije ter prijavljene letne količine od posameznih osnov.