Organ upravljanja inštituta je upravni odbor.
Upravni odbor šteje devet članov, od katerih:
-
pet članov imenuje v imenu ustanovitelja Vlada Republike Slovenije, in sicer tri člane na predlog ministrstva, pristojnega za raziskovalno dejavnost, enega člana na predlog ministrstva, pristojnega za okolje, in enega člana na predlog ministrstva, pristojnega za kmetijstvo,
-
dva člana imenuje upravni odbor inštituta na predlog direktorja s soglasjem znanstvenega sveta, iz vrst uporabnikov dejavnosti inštituta, ki imajo dolgoročen interes pri povezovanju raziskovalnih dejavnosti inštituta,
-
dva člana izvolijo zaposleni delavci inštituta izmed sebe.
Predsednika upravnega odbora izvolijo člani upravnega odbora izmed sebe.
Način imenovanja članov iz vrst uporabnikov dejavnosti inštituta se podrobneje določi v statutu.