Dostop do programske opreme mora biti varovan tako, da dovoljuje dostop samo za to v naprej določenim zaposlenim oziroma pravnim ali fizičnim osebam, ki v skladu s pogodbo opravljajo dogovorjene storitve (npr. vzdrževanje programske ali strojne opreme).
Popravljanje, spreminjanje in dopolnjevanje sistemske in aplikativne programske opreme je dovoljeno samo na podlagi odobritve pooblaščene osebe, izvajajo pa ga lahko samo pooblaščeni servisi in organizacije in posamezniki, ki imajo z agencijo sklenjeno ustrezno pogodbo. Izvajalci morajo spremembe in dopolnitve sistemske in aplikativne programske opreme ustrezno dokumentirati.
Vsi podatki in programska oprema, ki so namenjeni uporabi v računalniškem informacijskem sistemu in prispejo v agencijo na medijih za prenos računalniških podatkov ali preko telekomunikacijskih kanalov, morajo biti pred uporabo preverjeni glede prisotnosti računalniških virusov.