Hidroinštitut pridobiva sredstva na podlagi Programa dela Hidroinštituta, h kateremu je dala soglasje Vlada Republike Slovenije. Program je pripravljen za obdobje petih let in vsebuje:
-
znanstveno-raziskovalno usmeritev,
-
program raziskovalne dejavnosti z opredelitvijo obsega javne službe ter raziskovalnega dela za trg,
-
opredelitev infrastrukturnih programov,
-
fiksne stroške upravljanja javnega raziskovalnega zavoda,
-
program investicij in investicijskega vzdrževanja ter pridobivanja stvarnega premoženja,
-
fiksne stroške za financiranje instrumentalnih centrov in zbirk ter
-
sistemizacijo programskih in infrastrukturnih skupin.
Program dela Hidroinštituta pripravi direktor na predlog vodij programskih skupin. Upravni odbor Hidroinštituta po predhodnem mnenju znanstvenega sveta sprejme Program dela Hidroinštituta.