Hidroinštitut je za izvajanje nalog organiziran tako, da dosega čim večjo strokovno in znanstveno uspešnost, upoštevajoč pri tem zahteve stroke, cilje, velikost in obseg raziskovalne dejavnosti ter človeške in materialne možnosti družbe.
Organiziranost Hidroinštituta se podrobneje določi s statutom.
V okviru svoje dejavnosti lahko za potrebe prenosa znanja in tehnologij Inštitut s soglasjem ustanovitelja v skladu z zakonodajo ustanovi drug zavod.