Hidroinštitut upravlja Upravni odbor.
Člani upravnega odbora so strokovnjaki iz znanosti, izobraževanja, tehnologije in gospodarstva.
Upravni odbor Hidroinštituta ima pet članov, od katerih:
Imenovanje enega člana iz kolektiva zaposlenih v upravni odbor zavoda se izvede na zboru delavcev, ki ga skliče direktor zavoda.
Predsednika Upravnega odbora Hidroinštituta izvolijo člani Upravnega odbora izmed sebe.
Način imenovanja članov iz vrst uporabnikov dejavnosti Hidroinštituta, ki imajo dolgoročen interes pri povezovanju raziskovalnih dejavnosti Hidroinštituta, oziroma zainteresirane javnosti in izmed zaposlenih delavcev na Hidroinštitutu se podrobneje določi v statutu.