Specialna knjižnica ima v svoji zbirki gradivo, ki je vsebinsko povezano s strokovnim področjem organizacije, v okviru katere deluje knjižnica. Če je specialna knjižnica samostojna, ima v zbirki gradivo za vsa strokovna področja, za pokrivanje katerih je bila ustanovljena.
Izbor gradiva se spreminja v skladu s spremembami vsebine delovanja organizacije, v okviru katere knjižnica deluje. Specialna knjižnica praviloma nima historičnega gradiva, izjema je le gradivo, ki je pomembno za nacionalno kulturno dediščino oziroma je kulturni spomenik.