Zastava MOL je skupaj z zastavo Republike Slovenije in zastavo Evropske unije stalno izobešena na stavbi, kjer je sedež MOL, v uradnih prostorih župana in v prostoru, kjer in kadar zaseda mestni svet, lahko pa je stalno izobešena tudi na stavbah organov mestne uprave in četrtnih skupnosti MOL.
Zastava MOL je stalno izobešena na Ljubljanskem gradu in na ali ob poslopjih, kjer je sedež vrtcev in osnovnih šol, katerih ustanovitelj je MOL, lahko pa je stalno izobešena tudi na ali ob stavbah, kjer je sedež drugih organizacij, katerih ustanovitelj je MOL.
Zastava MOL se v obliki namizne zastavice uporablja v prostorih župana, podžupanov, direktorja Mestne uprave MOL ter vodij organov Mestne uprave MOL in Službe za notranjo revizijo.