Inštitut pridobiva sredstva na podlagi Programa dela inštituta, h kateremu je dala soglasje Vlada Republike Slovenije. Program je pripravljen za obdobje petih let in vsebuje:
Program dela inštituta pripravi direktor na predlog vodij programskih skupin. Upravni odbor inštituta po predhodnem mnenju znanstvenega sveta sprejme Program dela inštituta.
Inštitut pridobiva sredstva za opravljanje nalog javne službe s področja kmetijstva iz petega odstavka 3. člena tega sklepa in nalog s področja kmetijstva iz šestega odstavka 3. člena tega sklepa v obsegu izvajanja nalog javne službe s področja kmetijstva iz petega odstavka 3. člena tega sklepa in nalog s področja kmetijstva iz šestega odstavka 3. člena tega sklepa na podlagi letnih programov, sprejetih na predpisan način, in na podlagi predpisov, ki urejajo javno naročanje.
Inštitut pridobiva sredstva za opravljanje nalog iz sedmega odstavka 3. člena tega sklepa v obsegu izvajanja nalog iz sedmega odstavka 3. člena tega sklepa na podlagi programov, ki jih po predhodnem mnenju ministrstva, pristojnega za okolje in prostor, in ministrstva, pristojnega za kmetijstvo, gozdarstvo in prehrano, sprejme upravni odbor inštituta.
Inštitut pridobiva sredstva za opravljanje nalog iz osmega odstavka 3. člena tega sklepa v obsegu izvajanja nalog iz osmega odstavka 3. člena tega sklepa na podlagi programa, ki ga po predhodnem mnenju ministrstva, pristojnega za zdravje (Urad Republike Slovenije za kemikalije), sprejme upravni odbor inštituta.