Ministrstvo, pristojno za kmetijstvo, gozdarstvo in prehrano, financira delo predstojnika in materialne stroške za izvedbo nalog Slovenske čebelarske akademije v skladu z letnim programom dela in finančnim načrtom Slovenske čebelarske akademije.
Izobraževanja Slovenske čebelarske akademije plačajo udeleženci izobraževanj, razen v primeru, ko se za to zagotovijo namenska sredstva.
Financiranje Slovenske čebelarske akademije je v celoti ločeno od financiranja javne službe svetovanja v čebelarstvu, javne službe zdravstvenega varstva čebel, javne službe vzgoje in izobraževanja v čebelarstvu ter ukrepov Programa na področju čebelarstva v Republiki Sloveniji, zato morajo izvajalci javnih služb na področju čebelarstva, ki sodelujejo v okviru Slovenske čebelarske akademije, zagotoviti ločeno evidentiranje dejavnosti.