V okviru javnega zavoda delujeta organizacijski enoti:
Osnovno poslanstvo javnega zavoda v okviru organizacijske enote Kranjska hiša je opravljanje javne službe na področjih turizma in kulture. Njegova naloga je organiziranje, spodbujanje in izvajanje turistične in kulturne dejavnosti, regionalno povezovanje na področju turizma in kulture, organiziranje in posredovanje kulturnih in drugih javnih prireditev v sodelovanju z Mestno občino Kranj in drugimi javnimi in zasebnimi partnerji, pa tudi upravljanje z dediščino in spomeniki lokalnega pomena ter objekti, ki jih je nanj prenesla ustanoviteljica.
Galerija Prešernovih nagrajencev za likovno umetnost izvaja svoje poslanstvo na področju likovne dediščine: proučuje, hrani, promovira in predstavlja dela najvidnejših slovenskih likovnih ustvarjalcev, dobitnikov in nominirancev Prešernove nagrade in nagrade Prešernovega sklada. Lastnik zbirke umetniških del Galerije Prešernovih nagrajencev za likovno umetnost je Mestna občina Kranj, z njo pa upravlja Galerija Prešernovih nagrajencev za likovno umetnost.
Program Galerije Prešernovih nagrajencev za likovno umetnost sprejema programski svet, ki ga na predlog uprave ustanovitelja imenuje župan za mandat 5 let. Programski svet sestavljajo predstavnik Mestne občine Kranj, predstavnik zainteresirane javnosti, predstavnik Ministrstva za kulturo, predstavnik Gorenjskega muzeja in predstavnik Upravnega odbora Prešernovega sklada.
Vodjo galerije imenuje direktor zavoda in z njim sklene ustrezno pogodbo.
Za organizacijski enoti se finančno poslovanje vodi ločeno.«