Mejna kontrola se opravi takoj po prihodu prevoznega sredstva oziroma potnika na mejni prehod. Če je treba se lahko opravi kontrola tudi v samem prevoznem sredstvu ali na drugem določenem kraju.
Enote republiškega organa za notranje zadeve določene za kontrolo prehajanja čez državno mejo (v nadaljnjem besedilu: organ mejne kontrole), opravljajo mejno kontrolo ob vstopu v Republiko Slovenijo praviloma prve • (pred carinsko in drugimi službami), ob izstopu iz nje pa zadnje.