Svet javne agencije odloča in dela na sejah. Svet je sklepčen, če je na seji prisotnih večina članov sveta.
Svet javne agencije zaseda po potrebi, vendar najmanj enkrat vsako trimesečje. Seje sklicuje predsednik, v njegovi odsotnosti pa podpredsednik sveta javne agencije.
Seja sveta javne agencije se skliče tudi na zahtevo državnega organa, pristojnega za regionalni razvoj ali direktorja javne agencije.
Seje sveta javne agencije so lahko tudi korespondenčne.
Če noben član sveta ne nasprotuje, je sprejemanje sklepov sveta dopustno tudi preko telefona ali z uporabo podobnih tehničnih sredstev. Na prvi naslednji seji sveta se mora tako glasovanje tudi pismeno potrditi s sprejemom zapisnika o korespondenčni seji.