Sredstva za delo pridobiva javna agencija na osnovi letnega programa dela in finančnega načrta iz državnega proračuna na podlagi posebne pogodbe z državnim organom, zadolženim za področje regionalnega razvoja. Javna agencija lahko pridobiva sredstva za delo tudi s plačili za storitve, prodajo blaga in storitev na trgu, iz donacij in drugih virov.
Javna agencija mora zagotavljati ločeno evidenco prihodkov in odhodkov iz naslova opravljanja javne službe od prihodkov in odhodkov iz naslova izvajanja storitev na trgu.
Ustanovitelj ne krije presežka odhodkov nad prihodki iz naslova izvajanja dejavnosti na trgu, presežek odhodkov nad prihodki iz naslova opravljanja javne službe pa do višine sredstev, ki jih letno nameni javni agenciji za opravljanje nalog.