Delo zbornice organizira in vodi direktor zbornice, ki je pooblaščen za zastopanje in predstavljanje zbornice za zneske do vrednosti do milijona SIT, za zneske, ki presegajo to vrednost pa na osnovi sklepov IO zbornice.
Direktorja imenuje IO zbornice na podlagi javnega razpisa.
Direktor zbornice je lahko doktor veterinarske medicine, ki ima 5 let delovnih izkušenj in opravljen strokovni izpit pred ministrstvom pristojnim za upravo, ali opravljen preizkus znanja iz upravnega postopka.