SOS ima sekretariat. Sekretariat je strokovna služba SOS, ki opravlja strokovno organizacijske, administrativno tehnične in druge naloge za SOS. Organizacija dela sekretariata se določi s pravilnikom o organizaciji dela in sistemizaciji delovnih mest, ki ga sprejme predsedstvo z večino glasov vseh članov predsedstva.
Sekretariat neposredno vodi generalni sekretar.
O zaposlitvi v sekretariatu odloča generalni sekretar, če je sprejet pravilnik o organizaciji in sistemizaciji delovnih mest. Do sprejema teh aktov odloča o zaposlitvi novih delavk/delavcev predsedstvo SOS.