Kanalizacija HE Boštanj ima ločena sistema za odvod meteornih in fekalnih vod.
Na meteorno kanalizacijo so preko lovilcev olja priključene vse odprte površine in strojnica (pronicujoča voda). Meteorna kanalizacija ima iztok v podslapje hidroelektrarne. Fekalne odplake iz hidroelektrarne so do zgraditve centralne čistilne naprave Sevnica speljane v kontejnersko čistilno napravo, po zgraditvi centralne čistilne naprave pa se odvajajo v kolektor iz industrijske cone Grajske njive.