Urad se organizira v organizacijske enote, ki jih vodijo državni podsekretarji, svetovalci vlade ali pomočniki direktorja. Izvrševanje posameznih nalog ali aktivnosti se lahko organizira tudi v projektnih skupinah, ki jih ustanovi direktor urada izmed zaposlenih v uradu. Vodje projektnih skupin so odgovorni neposredno direktorju urada. V projektne skupine lahko direktor imenuje tudi zunanje sodelavce.
Delo urada na področju finančnega poslovanja, kadrovske politike ter administrativno tehničnega poslovanja vodi sekretar urada, ki ima položaj državnega podsekretarja ali svetovalca vlade in je neposredno odgovoren direktorju urada.
Akt o notranji organizaciji urada in o sistemizaciji delovnih mest v uradu izda direktor urada po predhodnem soglasju Vlade Republike Slovenije v 30 dneh po uveljavitvi tega sklepa.