Akreditacijo iz 1. člena te uredbe agenciji podeljuje Vlada Republike Slovenije na predlog resornega ministrstva po predhodnem soglasju Organa za nadzor proračuna pri Ministrstvu za finance.
Podeljena akreditacija je pogoj za začetek uporabe finančnih sredstev Evropske unije.
Podrobnejše pogoje za akreditacijo agencij za posamezno področje lahko predpiše resorni minister.