Skupščina zavoda ima predsednika in njegovega namestnika.
Mandat predsednika in namestnika predsednika traja 16 mesecev, pri čemer se na funkciji predsednika in njegovega namestnika izmenjavajo predstavniki reprezentativnih sindikatov, delodajalskih združenj, Vlade RS ter upokojencev in delovnih invalidov po naslednjem vrstnem redu:
predsednik:
namestnik predsednika:
Člani skupščine izvolijo predsednike in njihove namestnike člani skupščine na prvem zasedanju iz svoje sestave.
Skupščina najprej izvoli predsednika in nato namestnika predsednika.