Način dela nadzornega odbora se določi v poslovniku, ki ga nadzorni odbor sprejme na svoji prvi seji. Če nadzorni odbor predvideva bistvene dopolnitve in spremembe poslovnika, jih pred sprejemom sporoči Komisiji Evropskih skupnosti.
Nadzorni odbor odloča na seji, ki jo skliče in vodi predsednik nadzornega odbora najmanj dvakrat letno. Ostale seje lahko skliče predsednik na svojo pobudo ali na zahtevo enega od članov nadzornega odbora ali Komisije Evropskih skupnosti.