Nadzor nad izvajanjem subvencionirane študentske prehrane izvaja ministrstvo, ki za posamezna dejanja nadzora lahko pooblasti drugo fizično ali pravno osebo.
Nadzor obsega kontrolo izvajanja določb uredbe, izvajanja določb tega navodila pri izvajalcih in skladnost ponudbe s ponudbo, izbrano na javnem razpisu, kakor tudi kontrolo izvajanja določb drugih predpisov, zlasti pa zakonitost, namembnost in racionalnost razpolaganja s proračunskimi sredstvi.
Nadzor opravlja nadzorni organ v skladu s pravilnikom o izvajanju nadzora nad delom Zavoda Republike Slovenije za zaposlovanje in drugih oseb na področju zaposlovanja (Uradni list RS, št. 17/99).