Naročniki plačajo zaračunane storitve iz prvega in drugega odstavka 3. člena, prvega in drugega odstavka 5. člena, prvega odstavka 6. člena in iz prvega odstavka 7. člena AJPES v 8 dneh po izstavitvi računa, neposredni proračunski uporabniki pa v 30 dneh po prejemu izstavljenega računa.
Zaračunane storitve pod zap. št. 1a., 1b., 2.2., 2.3. in 2a. (razen zap. št. 1a.1.) plačajo naročniki v skladu s pogodbo oziroma dogovorom.