Če agencija v skladu s proračunskimi možnostmi v posameznem letu na podlagi javnega poziva poveča financiranje raziskovalnih programov, se koncesionarjem lahko poveča financiranje raziskovalnih programov, in sicer po postopku ter upoštevaje kriterije, kazalce in merila, ki so določeni v podzakonskem predpisu Javne agencije za raziskovalno dejavnost Republike Slovenije, ki ureja postopke (so)financiranja, ocenjevanja in spremljanja izvajanja raziskovalne dejavnosti, izdanem na podlagi zakona, ki ureja raziskovalno in razvojno dejavnost.
Odločbo o dodatnem financiranju za raziskovalne organizacije s koncesijo sprejme minister na predlog Znanstvenega sveta agencije.
Agencija po vročitvi odločbe o dodatnem financiranju pripravi predlog aneksa k pogodbi o koncesiji, ki ga pošlje koncesionarju. Glede aneksa k pogodbi o koncesiji se smiselno uporabljajo določbe tega pravilnika, ki se nanašajo na pogodbo o koncesiji.«.