Univerzitetno upravo sestavljajo rektorat univerze in strokovne službe članic univerze (dekanat oziroma tajništva) in se organizira tako, da je zagotovljeno smotrno, učinkovito, pravočasno in racionalno izvajanje odločitev organov univerze in zakonskih ter drugih upravnih nalog univerze in njenih članic.
Organiziranost in sistemizacijo univerze in članic skladno z izhodišči za sistemizacijo delovnih mest na predlog dekanov članic univerze in na predlog glavnega tajnika za rektorat ter na predlog Komisije za organizacijo in sistemizacijo univerze in članic s splošnim aktom določi rektor univerze.
Rektor univerze lahko s posebnim aktom za določene naloge univerze oblikuje posebne organizacijske enote.