Direktor zbornice organizira in operativno vodi delo zbornice in je pooblaščen za zastopanje in predstavljanje zbornice v poslovnih in finančnih zadevah v vrednostih do 2 milijonov SIT. Za vse zneske, ki presegajo te zneske mora imeti sklep IO. Direktor vodi strokovno službo zbornice, skrbi za pripravo gradiv za delo IO in skupščine ter za koordinacijo dela organov zbornice in njenih stalnih in začasnih komisij.
Direktorja zbornice imenuje IO na podlagi javnega razpisa. Direktor zbornice je lahko doktor veterinarske medicine z opravljenim državnim izpitom pred organom ministrstva pristojnim za upravo ali opravljen preskus znanja iz upravnega postopka, da lahko vodi in nadzira dejanja v upravnem postopku v skladu z javnimi pooblastili zbornice. Direktor mora imeti najmanj pet let delovnih izkušenj in aktivno obvladati vsaj en jezik EU.
Funkcija direktorja zbornice je profesionalna funkcija za poln delovni čas. Direktorja imenuje IO za dobo štirih let z možnostjo ponovnega imenovanja. Direktor je lahko član zbornice, ne more pa biti izvoljen v organe zbornice.