Zavod upravlja svet zavoda, ki ga sestavljajo predstavniki ustanovitelja, predstavniki delavcev zavoda in predstavniki staršev.
Svet zavoda šteje 11 članov, ki ga sestavljajo:
Predstavnike ustanovitelja imenuje in razrešuje Občinski svet Občine Horjul skladno s svojimi akti izmed občinskih svetnikov in občanov ali občinske uprave.
Predstavnike delavcev zavoda izvolijo delavci zavoda na neposrednih tajnih volitvah po postopku in na način, ki ga določi zakon ter ta odlok, in sicer enega predstavnika izmed delavcev VVE pri OŠ, tri predstavnike izmed strokovnih delavcev šole in enega predstavnika izmed upravno-administrativnih ter tehničnih delavcev. Mandat predstavnikov delavcev v svetu je povezan z zaposlitvijo. V kolikor delavcu v času mandata preneha zaposlitev, je potrebno na njegovo mesto imenovati novega predstavnika.
Oseba, ki opravlja funkcijo direktorja, ravnatelja oziroma pomočnika ravnatelja, ne more voliti in biti izvoljena oziroma imenovana v svet.
Predstavnike staršev volijo starši na svetu staršev, in sicer dva predstavnika iz šole in enega predstavnika iz VVE pri OŠ. Mandat predstavnikov staršev v svetu je povezan s statusom njihovih otrok v zavodu.
Člani sveta izmed sebe izvolijo na konstitutivni seji predsednika in namestnika predsednika. Svet odloča z večino glasov vseh članov.
Mandatna doba sveta šole traja štiri leta. Ista oseba je lahko član sveta zavoda le v dveh zaporednih sestavah sveta zavoda.