Presežek prihodkov nad odhodki, ki jih zavod doseže pri opravljanju svoje dejavnosti, uporablja zavod v skladu z veljavno zakonodajo. Delitev presežka prihodkov nad odhodki poteka na podlagi programa prioritet za delitev teh sredstev, ki jih sprejme svet zavoda po predhodnem soglasju župana v imenu ustanovitelja.
V primeru primanjkljaja sredstev za dejavnost zavoda se način kritja tega primanjkljaja določi v soglasju z ustanoviteljem.
Presežek prihodkov nad odhodki, ustvarjen iz dejavnosti zavoda, ki niso določene kot javna služba, lahko zavod nameni za izboljšanje materialnih pogojev dela in v skladu z merili za dodelitev presežkov prihodkov nad odhodki, uporabi to tudi za izplačilo plač na podlagi opravljenega dela.