Skupna občinska uprava se mora pri izvrševanju svojih nalog ravnati po usmeritvah župana občine ustanoviteljice, v katero krajevno pristojnost zadeva spada skladno s predpisi, ki urejajo inšpekcijski nadzor. Glede organizacije dela, načrtovanja del in delovnih obveznosti je skupna občinska uprava odgovorna županom občin ustanoviteljic.
Vodja skupne občinske uprave odgovarja za izvrševanje nalog, ki spadajo v krajevno pristojnost posamezne občine ustanoviteljice, županu te občine.
Vodja skupne občinske uprave predstavlja skupno upravo, organizira opravljanje nalog ter izvaja vse dela in naloge, ki so potrebna za zagotovitev pravočasnega in strokovnega dela skupne občinske uprave.