Skupna občinska uprava je neposredni uporabnik proračuna občine ustanoviteljice, v kateri ima sedež. Poslovanje organa skupne občinske uprave se vodi na ločenih proračunskih postavkah v proračunu te občine.
Finančni načrt skupne občinske uprave, ki ga na predlog vodje potrdijo župani občin ustanoviteljic, je uvrščen v proračun občine ustanoviteljice, v kateri ima skupna občinska uprava sedež na podlagi sklenjene pogodbe med občinami ustanoviteljicami.
Finančni načrt skupne občinske uprave je priloga k proračunom ostalih občin ustanoviteljic.
Odredbodajalec za sredstva finančnega načrta skupne občinske uprave je njen vodja.