Pri odločanju o upravnih zadevah iz občinske pristojnosti nastopa skupna občinska uprava kot organ tiste občine ustanoviteljice, v katere krajevno pristojnost zadeva spada.
Skupna občinska uprava mora pri izvrševanju svojih nalog ravnati v skladu z letno pogodbo in po usmeritvah župana občine ustanoviteljice, v katere krajevno pristojnost zadeva spada oziroma za katero izvršuje naloge ter v skladu z navodili vodje skupne občinske uprave, ki se pri tem posvetuje s krajevno pristojnimi tajniki oziroma direktorji občinskih uprav.
O izločitvi vodje skupne občinske uprave ali zaposlenega v skupni upravi odloča tajnik oziroma direktor občinske uprave, v katere krajevno pristojnost zadeva spada.