Notranja organizacija javnega podjetja je določena s pravilnikom o notranji organizaciji in sistemizaciji delovnih mest v javnem podjetju. Delo javnega podjetja je organizirano v enotah in službah. Število izvajalcev v podjetju in znotraj organizacijskih enot je določeno s sistemizacijo delovnih mest.
Pravilnik o notranji organizaciji in sistemizaciji delovnih mest v javnem podjetju sprejema direktor po postopku, ki ga določa zakon. Pred sprejetjem pravilnika je dolžan direktor pridobiti soglasje nadzornega sveta.