Ustanoviteljske pravice občin, razen sprejema sprememb in dopolnitev tega odloka ter zagotavljanja proračunskih sredstev za delovanje Medobčinskega inšpektorata, za kar so pristojni občinski sveti občin ustanoviteljic, izvršujejo vsakokratni župani občin ustanoviteljic.
Župani na predlog vodje Medobčinskega inšpektorata sprejmejo kadrovski načrt, program dela in finančni načrt, nadzorujejo delo ter dajejo skupne usmeritve glede splošnih vprašanj organiziranja in delovanja Medobčinskega inšpektorata.