Vodna povračila plačujejo zavezanci z mesečnimi akontacijami do 10. v mesecu za pretekli mesec na vplačilni račun Službe družbenega knjigovodstva – podružnica Ljubljana. Za neporavnane obveznosti zavezanec plača zamudne obresti. Poračun vplačanih akontacij se opravi na podlagi izdanega računa za preteklo leto, pri čemer se upoštevajo povprečni letni zneski povračil ter prijavljene letne količine.
Zavezanci so dolžni do konca januarja tekočega leta Ministrstvu za okolje in prostor priglasiti vse osnove za izračun vodnih povračil za preteklo leto.