Stroške, ki nastajajo pri opravljanju protokolarnih nalog, poravnajo uporabniki ali naročniki sami iz sredstev svojega finančnega načrta. Za naročnika ali uporabnika se smatrajo naslednji organi: Urad predsednika Republike Slovenije, Urad predsednika Državnega zbora Republike Slovenije, Urad predsednika Vlade Republike Slovenije, Državni svet Republike Slovenije, Ustavno sodišče Republike Slovenije, Vrhovno sodišče Republike Slovenije, Računsko sodišče Republike Slovenije, Ministrstvo za zunanje zadeve in Varuh človekovih pravic. Uporabniki oziroma naročniki morajo upoštevati strokovna navodila Protokola pri izvedbi protokolarnih dogodkov.
Protokol krije stroške za protokolarna darila ter poravna tudi stroške dnevnic, nočitev in potne stroške zaposlenih v Protokolu.