Vodja programskega sveta je raziskovalec, ki ga predlaga sodelujoče ministrstvo in izpolnjuje pogoje iz 29. člena oziroma 30. člena zakona o raziskovalni dejavnosti in je strokovnjak za vprašanja, ki zadevajo strategijo razvoja sodelujočega ministrstva.
Vodja programskega sveta je lahko tudi delavec sodelujočega ministrstva oziroma organa v njegovi sestavi.
Vodja programskega sveta je direktno odgovoren ministru sodelujočega ministrstva le glede prioritetne tematike raziskovanja in razvoja in ministru, pristojnem za znanost in tehnologijo, glede izbora izvajalcev projektov.
Vodja programskega sveta svetuje ministru pri strateških vprašanjih razvoja na določenem področju in sodeluje v svetovalnem telesu ministra sodelujočega ministrstva pri zadevah, ki se tičejo strateških vprašanj ministrstva.
Namestnika vodje programskega sveta imenuje minister, pristojen za znanost in tehnologijo, na predlog programskega sveta, ki ga le-ta oblikuje na svoji prvi seji.