Za posamičen projekt skleneta MZT in sodelujoče ministrstvo oziroma naročnik projekta z izbranim izvajalcem pogodbo o izvedbi projekta.
Predlog pogodbe pripravi MZT, ki na podlagi predpisov ministra, pristojnega za znanost in tehnologijo, in ministra, pristojnega za finance, določi vse potrebne elemente pogodbe.
Pogodba, ki jo z izbranim izvajalcem sklene sodelujoče ministrstvo, lahko poleg elementov, zahtevanih s strani MZT, vključuje tudi druga določila.