MZT in sodelujoče ministrstvo posredujeta predlog pogodbe o izvedbi projekta skupaj z obrazci pogodbene dokumentacije izvajalki raziskovalnega projekta v podpis.
Pogodbo poleg zastopnikov financerjev projekta ter poleg izvajalca projekta podpiše tudi odgovorni nosilec projekta.
Podpisano pogodbo z izpolnjenimi obrazci pogodbene dokumentacije mora izvajalec projekta vrniti MZT in sodelujočemu ministrstvu najkasneje v roku 14 dni po prejemu predloga pogodbe.