Predlog projekta temeljnega raziskovanja ocenijo domači in tuji recenzenti. Predlog projekta aplikativnega raziskovanja in projekta razvoja ocenijo domači, lahko pa tudi tuji recenzenti. Recenzenti ocenijo predloge projektov najkasneje v 30 dneh od dneva prejema projektne dokumentacije.
Oceno izdelajo na podlagi vprašalnikov, ki jih predpiše minister. Pri ocenjevanju predloga projekta je recenzent samostojen. Predlog projekta recenzent oceni po kriterijih stroke.
Če recenzent meni, da bi pridobitev dodatnih strokovnih mnenj bistveno prispevala h kakovosti ocene, predlaga to ministru v odobritev.