1. Slovenija je pooblastila Službo Vlade RS za evropske zadeve, da deluje v njenem imenu kot nacionalni koordinacijski organ za slovensko-švicarski program sodelovanja. Nacionalni koordinacijski organ je splošno odgovoren za upravljanje prispevka v Sloveniji, kar vključuje tudi odgovornost za finančni nadzor in revizijo.
2. Švica je pooblastila:
Zvezno ministrstvo za zunanje zadeve, ki deluje prek Švicarske agencije za razvoj in sodelovanje (SDC),
in
Zvezno ministrstvo za gospodarske zadeve, ki deluje prek Državnega sekretariata za gospodarske zadeve (SECO), da delujeta v njenem imenu pri izvajanju slovensko-švicarskega programa sodelovanja.
Projekti se dodelijo enemu ali drugemu organu glede na njuna področja pristojnosti.
3. Švicarsko veleposlaništvo v Ljubljani je točka za stike za nacionalni koordinacijski organ v zvezi z uradnimi informacijami o prispevku. Vsakodnevna komunikacija med pristojnimi organi lahko poteka neposredno.