Za izvajanje javne službe na področju raziskovalne dejavnosti se na inštitutu oblikujejo programske skupine.
Inštitut opravlja naloge monitoringa stanja okolja (spremljanje stanja okolja) in ohranjenosti narave iz 5. točke drugega odstavka 3. člena tega sklepa v skladu z letnimi programi monitoringa, ki jih pripravi ministrstvo, pristojno za okolje in prostor. Medsebojna razmerja med inštitutom in ministrstvom, pristojnim za okolje in prostor, se podrobneje uredijo s pogodbo.
Inštitut opravlja dejavnost tudi za druge naročnike v obsegu in na način določen z letnim programom dela Inštituta, ki je usklajen s Programom dela Inštituta.
V okviru svoje dejavnosti lahko za potrebe prenosa znanja in tehnologij inštitut s soglasjem ustanovitelja v skladu z zakonodajo ustanovi drug zavod.