Odbor za akreditacijo lahko za pripravljanje strokovno tehničnih podlag za delovanje sistema akreditiranja na specifičnih strokovnih področjih ustanovi sektorske odbore (v nadaljnjem besedilu: SO). Praviloma se SO ustanovijo začasno na podlagi ugotovljene potrebe za izvedbo posameznih nalog. SO se organizirajo kot pododbori odbora za akreditacijo.
V okviru SO se lahko po potrebi oblikujejo sektorski pododbori za posamezna še bolj specifična področja.
SO vodijo delavci SA, odgovorni za posamezno strokovno področje. Sestava SO mora omogočati udeležbo neodvisnih strokovnjakov in strokovnjakov zainteresiranih strani za sistem akreditiranja na določenem specifičnem strokovnem področju v Republiki Sloveniji tako, da noben izmed interesov ne more prevladati. Člane SO imenuje odbor za akreditacijo.