SA je ustanovila Republika Slovenija s sklepom Vlade RS, št. 392-05/2000-1 z dne 20. 4. 2000, objavljenim v Uradnem listu RS, št. 36/00, s spremembo sklepa, št. 392-05/2001-2 z dne 22. 3. 2001, objavljeno v Uradnem listu RS, št. 23/01 (v nadaljnjem besedilu: sklep o ustanovitvi), pa je bil spremenjen sedež SA.
Ustanoviteljske pravice in obveznosti izvaja Vlada Republike Slovenije.
Ustanovitelj svoje pravice in obveznosti izvaja tako, da je zagotovljena taka stopnja neodvisnosti, nepristranosti in integritete, ki omogoča SA mednarodno primerljivost z drugimi nacionalnimi akreditacijskimi službami, njeno članstvo v evropskih in mednarodnih organizacijah za akreditacijo ter pristop in izvajanje sporazumov o medsebojnem priznavanju akreditacijskih listin in listin, ki jih izdajajo akreditirani organi.