Šolo za podčastnike vodi načelnik šole. Načelnik organizira delo, predstavlja in zastopa šolo ter vodi učiteljski zbor. Odgovoren je za zakonitost dela šole.
Načelnika šole postavlja in razrešuje minister za obrambo.
Za načelnika šole je lahko imenovan, kdor ima najmanj visoko izobrazbo, pet let delovnih izkušenj na vodstvenih ali vodilnih delovnih mestih, pedagoško-andragoško izobrazbo in izpolnjuje druge predpisane pogoje.