Sredstva za opravljanje svoje dejavnosti inštitut pridobiva:
Inštitut pridobiva sredstva iz prve alineje prejšnjega odstavka na podlagi programa dela in poslovno-finančnega načrta ter na podlagi sklenjene pogodbe z ministrstvom, pristojnim za vode.
Sredstva iz prejšnjega odstavka določi ustanovitelj in se zagotavljajo po postopku, določenem z zakonom, ki ureja javne finance, za posredne proračunske uporabnike.